凈化工程的核心目標是通過一系列的技術手段和管理措施，將空間內的空氣潔凈度、溫度、濕度、壓力等參數控制在特定范圍內，以減少或消除空氣中的微粒、有害氣體、微生物等污染物。其工作原理主要基于空氣過濾、氣流組織、壓力控制等方面。

空氣過濾是凈化工程的關鍵。通過安裝不同級別的空氣過濾器，如初效過濾器、中效過濾器和高效過濾器，能夠有效地攔截空氣中的灰塵、花粉、細菌、病毒等微粒。高效過濾器（HEPA）甚至可以過濾掉直徑為0.3微米的微粒，過濾效率高達99.97%以上，為潔凈空間提供了堅實的防線。

合理的氣流組織也是凈化工程的重要保障。通常采用層流或亂流的氣流方式，使潔凈空氣均勻地分布在整個空間內，形成穩定的氣流場。層流氣流以平行、均勻的流線流動，能夠將污染物迅速帶走，避免其在空間內積聚；亂流氣流則通過空氣的混合和稀釋作用，降低污染物的濃度。

壓力控制則是防止外界污染物進入潔凈空間的有效手段。通過調節空間的壓力，使其相對于周圍環境保持正壓或負壓狀態。正壓潔凈室可以外界空氣倒灌，將污染物拒之門外；負壓潔凈室則常用于處理有害物質，其泄漏到周圍環境中。